Dalam perjalanan sejarah, Bontang yang sebelumnya hanya merupakan perkampungan yang terletak di daerah aliran sungai, kemudian mengalami perubahan status, sehingga menjadi sebuah kota. Ini merupakan tuntutan dari wilayah yang majemuk dan terus berkembang.

Pada awalnya, sebagai kawasan permukiman, Bontang memiliki tata pemerintahan yang sangat sederhana. Semula hanya dipimpin oleh seorang yang dituakan, bergelar Petinggi di bawah naungan kekuasaan Sultan Kutai di Tenggarong. Nama-nama Petinggi Bontang tersebut adalah: Nenek H Tondeng, Muhammad Arsyad yang kemudian diberi gelar oleh Sultan Kutai sebagai Kapitan, Kideng, dan Haji Amir Baida alias Bedang.

Bontang terus berkembang sehingga pada 1952 ditetapkan menjadi sebuah kampong yang dipimpin Tetua Adat. Saat itu kepemimpinan terbagi dua: hal yang menyangkut pemerintahan ditangani oleh Kepala Kampung, sedangkan yang menyangkut adat-istiadat diatur oleh Tetua Adat

Jauh sebelum menjadi wilayah Kota Administra­tif, sejak 1920, Desa Bontang ditetapkan menjadi ibu kota kecamatan yang kala itu disebut Onder Distrik van Bontang, yang diperintah oleh seorang asisten wedana yang bergelar Kiyai.

Adapun Kyai yang pernah memerintah di Bontang dan masih lekatdalam ingatan sebagian penduduk adalah: Kiyai Anang Kempeng, Kiyai Hasan, Kiyai Aji Raden, Kiyai Anang Acil, Kiyai Menong, Kiyai Yaman, dan Kiyai Saleh.

Sebelum menjadi sebuah kota,status Bontang meningkat menjadi kecamatan , dibawah pimpinan seorang asisten wedana dalam Pemerintahan Sul­tan Aji Muhammad Parikesit, Sultan Kutai Kartanegara XIX (1921-1960), setelah ditetapkan Undang Undang No 27 Tahun 1959 tentang pembentukan Daerah Tk II di Kalimantan Timurdengan menghapus status Pemerintahan Swapraja.

Pada 21 Januari 1960, berdasarkan UU No 27 Tahun 1959 , dalam Sidang istimewa DPRD Istimewa Kutai, Kesultanan Kutai dihapuskan dan sebagai gantinya dibentuk Kabupaten Daerah Tk II Kutai yang meliputi 30 kecamatan. Salah satu kecamatan itu adalah Bontang yang berkedudukan di Bontang Baru, meliputi beberapa desa, yaitu Desa Bontang, Santan Ulu, Santan Ilir, Santan Tengah, Tanjung Laut, Sepaso, Tabayan Lembab, Tepian Langsat, dan Keraitan.

Bontang kemudian mengalami pertumbuhan yang pesat. Hal itu mulai terlihat pada 1975, yang disebabkan karena dijadikannya Bontang sebagai daerah industri. Pada 1974 berdiri PT Badak yang mengelola industri gas alam. Tiga tahun kemudian, 1977, menyusul berdirinya PT Pupuk Kaltim yang mengelola industri pupuk dan amoniak.

Dengan kemajuan yang begitu pesat karena adanya pembangunan sarana dan prasarana yang berskala nasional, bahkan internasional, Pemerintah Daerah mempertimbangkan peningkatan status Bontang dari Kecamatan menjadi Kota Administratif yaitu melalui Peraturan Pemerintah No 20 Tahun 1989. Dengan demikian dibentuklah wilayah kerja Pembantu Bupati Kepala Daerah Tk II Kutai Wilayah Pantai Kecamatan Bontang akhirnya diusulkan Gubernur Kaltim untuk ditingkatkan menjadi Kota Administratif (Kotif).

Pada 1989, dengan PP No. 22 Tahun 1988 Kecamatan Bontang disetujui menjadi Kota Admin-istratif dan diresmikan pada 1990 dengan membawahi Kecamatan Bontang Utara (terdiri dari Bontang Baru, Bontang Kuala, Belimbing, Lok Tuan) dan Selatan (Sekambing, Berbas Pantai, Berbas Tengah, Satimpo, dan Tanjung Laut). Pada 12 Oktober 1999, Kotif kemudian berubah menjadi Kota Otonom, berdasarkan Undang Undang No 47 Tahun 1999.

Guna melaksanakan tugas kepemerintahan saat itu ditunjuk Drs Ishak Karim sebagai Walikota Kotif Bontang yang pertama. Sebagai perkembangan dari Daerah Tk II Kabupaten Kutai, maka melalui Undang­Undang No 47 Tahun 1999 tentang pemkatkan menjadi Kota Bontang. Sebagai pelaksana tugas ditunjuk Drs Fachmurniddin yang melaksa­nakan tugas kepemerintahan dan pelaksanaan persiapan pemilihan walikota definitif.

Sebelumnya juga telah dibentuk Dewan Perwakilan Rakyat Daerah (DPRD) Kota Bontang oleh Walikota melalui penetapan calon yang diajukan oleh masing-masing partai berdasarkan perolehan kursi pada Pemilu 1999. Setelah persyaratan anggota dewan terpenuhi, maka ditetapkan dan dilantik para anggota dewan yang terdiri dari 25 orang dengan ketua H Rusdin Abdau.

Walikota Bontang pertama dari pemilihan anggota dewan itu adalah dr H Andi Sofyan Hasdam, SpS dari Partai Golkar dan H Adam Malik sebagai Wakil Walikota yang berasal dari PPP. Mereka dilantik dan diambil sumpah jabatan pada 1 Maret 2000